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1.蛋白-蛋白作用分析so easy - Ligplot+
了解蛋白-蛋白复合物中配体与受体的相互作用？Ligplot+是您的得力助手。该软件能分析氨基酸间的相互作用，包括氢键与疏水作用，适用于复合物与单个分子内部的作用分析。Ligplot+官网提供学术免费下载，期限一年，过期后可申请续用，软件通过邮件发放。安装前需确保电脑已安装Java，未安装将无法运行。下载压缩包后，解压并放置于C盘的【C:\LigPlus】目录。双击打开Ligplot+，进入【Edit】-【program path】，确保【Temporary directory】设置为C:/tmp，创建C盘下的tmp文件夹。如已安装pymol，可填写其路径，否则不影响使用。打开【File】-【Open】-【pdb file】，选择PDB文件【skfd.pdb】并打开。复合物分析时，选择链A与链E，单个分子内部作用分析时，通过右侧选择特定链的氨基酸。运行分析后，通过【Edit】-【Size definitions】自定义显示参数，如字体、原子大小、键宽等。将结果保存为【A-E.ps】文件，使用Photoshop打开，另存为.tif或.png格式。Ligplot+的使用教程视频已发布在B站，供您参考学习。如有兴趣支持作者，可在文章末尾进行打赏。
2.软件推荐(5)——使用WebPlotDigitizer抠取文献数据
在撰写论文或实验报告时，常需引用其他学者的性能数据，此时抠图提取原始数据成为一项重要技能。抠图原理基于笛卡尔坐标系：图像中数据点与坐标轴的距离与数值差成正比，对数坐标系中关系为乘方。常见的抠图软件包括Origin自带的图像数字化模块、Matlab编写的Haocurve、Getdata以及WebPlotDigitizer。WebPlotDigitizer推荐的主要优势在于其便捷性和多功能性。下载软件时，直接通过百度搜索WebPlotDigitizer即可。官网提供在线版本，支持中文切换，若需离线使用，下载对应系统版本即可。在进行抠图前，先保存截图。不同软件的截图快捷键如下：Windows为Win+Shift+S，微信为Alt+A，QQ为Ctrl+Alt+A。我使用的是前文提到的Quicker进行截图，自动保存至指定位置。以下以Seebeck系数数据为例，演示抠图步骤。导入图片后，选择图片类型（通常为二维XY图），通过在图上选择四个点确定坐标范围，输入对应的刻度值。对数坐标时，务必勾选Log scale选项。在抠点时，可根据颜色实现自动化操作。首先，利用box或pen工具选择数据区域，调整笔划宽度。设定前景（数据）颜色和背景颜色，背景默认白色，取色器在图上获取数据点颜色，调整颜色容差，进行颜色筛选。根据颜色抠点后，点击右下角的Run按钮进行自动抠点。通过调整两点间的最小横纵距离改变抠点密度。在Adjust Point模式下，使用方向键对点进行微调，Shift+方向键进行粗调，Q/W选择上一个/下一个点。通过右上角的放大区域查看点的位置。抠取的数据可以导出，点击左下角的View Data，通过复制粘贴或保存为.csv表格文件。调整分隔符为逗号或空格，方便在Origin中使用。对比原始数据与抠取数据，误差通常在可接受范围内。以E列输入(A-C)/C计算温度相对误差，结果显示所有误差都在0.3%以下。WebPlotDigitizer的介绍到这里，希望能够帮助到大家。如有疑问，可查找视频教程。祝大家科研顺利，学业有成！
3.软件推荐(5)——使用WebPlotDigitizer抠取文献数据
WebPlotDigitizer软件推荐
一、软件简介WebPlotDigitizer是一款功能强盛的在线工具（也提供离线版本），专门用于从图像中提取数据点。它特别适用于科研工作者和学生，在撰写论文或实验报告时，需要从已发表的文献图像中获取原始数据。该软件基于笛卡尔坐标系的基本性质，通过识别图像中数据点到坐标轴的距离来确定具体数值，支持线性和对数坐标系。
二、软件优势完善的颜色抠取功能：WebPlotDigitizer允许用户根据颜色来快速抠取数据点，特别适用于曲线图或数据点密集的情况。用户可以设定前景（数据）颜色和背景颜色，并通过调整颜色容差来准确筛选数据点。方便的微调功能：数据点设定好之后，用户可以通过方向键进行粗调和细调，确保每个数据点都准确位于图像中的正确位置。对于有强迫症或难以准确鼠标定位的用户来说，这一功能尤为友善。
三、下载与安装软件的下载地址可通过百度搜索“WebPlotDigitizer”获取。官网提供在线使用的版本，支持中文切换，方便用户操作。如果需要离线使用，可以下载对应系统的软件版本，但注意离线版本可能无法切换语言。
四、使用教程截图保存：在使用WebPlotDigitizer之前，需要先对目标文献图像进行截图保存。常用的截图快捷键包括Windows自带的Win+Shift+S、微信截图Alt+A、QQ截图Ctrl+Alt+A等。导入图片：打开WebPlotDigitizer软件，导入截图保存的图像。选择图片类型（一般为二维XY图），并依次在图上选择x轴和y轴的最小、最大值点，通过方向键微调后确定。输入这四个点对应的刻度值，如果是对数坐标，记得勾选Log scale选项。根据颜色抠点：使用右下角的box工具或pen工具选定要抠取的数据所在区域。设定前景颜色和背景颜色，通过取色器在图上获取数据点的颜色，并调整颜色容差。点击Filter Colors筛选符合要求的颜色，然后通过调整两点间的最小横纵距离来改变抠点密度。点击Run进行自动抠点，如有需要，可通过Adjust Point模式进行微调。导出数据：抠点完成后，点击左下角的View Data查看数据。可以直接复制粘贴数据，或将数据保存为.csv表格文件。复制到剪贴板时，可以将分隔符从逗号改为空格，以便在Origin等软件中自动分为两列数据。
五、效果展示通过WebPlotDigitizer抠取的数据与原始数据对比，基本上是完全重叠的。可以使用Origin等软件的内置公式来计算相对误差，以确保抠取数据的准确性。六、总结WebPlotDigitizer是一款高效、易用的数据抠取工具，特别适用于科研工作者和学生从文献图像中提取原始数据。其完善的颜色抠取功能和方便的微调功能，使得数据抠取过程更加快速、准确。如果你需要从文献图像中获取数据，不妨试试这款软件吧！
4.手把手教你绘制火山图与韦恩图
手把手教你绘制火山图与韦恩图
一、火山图绘制火山图（Volcanoplot）是常用于展示差异表达的基因或蛋白的一种图片类型，它结合了显著性与差异表达倍数两个重要概念。显著性一般设置P<0.05，差异表达一般按照Fold Change（倍数变化）≥1.2或2倍作为标准。软件准备使用Origin软件2018版。可通过Origin官方网站申请学生免费版，使用以edu.cn结尾的邮箱进行注册即可获得。火山图绘制步骤Volcano plot APP下载与安装进入Origin官网（https://www.originlab.com/），点击APP。找到Volcano plot APP，点击下载（下载链接：https://www.originlab.com/fileExchange/details.aspx?fid=296）。打开Origin2018软件，将下载好的APP点击软件最右侧的AddAPPs即可自动安装，安装好后在APPs下可见Volcanoplot APP。数据输入在Origin软件中Book1中输入数据，X1为基因名，X2为Fold Change取log2负对数值，Y轴为P值取log10负对数。绘制火山图选择所有数据，点击Volcanoplot APP。设置P-value阈值为0.05，Fold change为1.2，点击OK，得到火山图。美化火山图双击右上角legend，Text Object中仅留下1,3即表示上调下调的图标，其余删除。去除图中多余的±0.26303数字，鼠标左键选中后，右键Delete。将变化倍数在±1.2倍之间的棕色基因设置为灰色，双击数据点，更改符号颜色（Symbol Color）。将P-value=0.05的标签直接双击改为P-value<0.05。根据需要调整图中蓝色虚线宽度。在Volcano plot得到的绘制表格中可以获取有多少基因上调、下调，并在火山图中标注。火山图示例
二、韦恩图绘制韦恩图（Venn diagram）是用于显示元素集合重叠区域的图示。韦恩图绘制步骤Venn diagram APP下载与安装下载链接为：https://www.originlab.com/fileExchange/details.aspx?fid=425。使用与Volcano plot相同的方法安装Veen diagram APP。数据输入打开Origin后输入数据，A列和B列分别包含不同的元素，共有的元素在两列中均出现。绘制韦恩图选中数据，点击Venn diagram APP，点击OK。调整颜色稍作美化即可。韦恩图示例总结使用Origin软件绘制火山图与韦恩图都非常简易实用，通过上述步骤，你可以轻松绘制出漂亮的火山图和韦恩图，为你的科研结果提供直观的展示。希望这些步骤对你有所帮助！